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1、参保人不同：职工医保是为用人单位职工提供的医疗保险，而农村医保参保人主要是当地村民。

2、缴费者不同：职工医保是用人单位和社会成员个人共同缴纳的医疗保险费，而农村医保是由政府组织，农民自愿参加，个人、集体、政府多方筹资。

3、缴费方式不同：医保需要缴纳一定年限(一般需要连续缴费满六个月)，用户才能享受报销待遇。

4、新农合是农民自愿参加，每年都要办理参保缴费手续。

5、报销比例不同：农村乡镇卫生院新农合报销比例最高，市级以上医院报销比例小于社保。

6、医保职工一般在定点医院报销比例最高，在其他医院报销比例会降低。